授課科目名稱:微陣列資料統計分析 [96學年度(下): 2008.02-2008.06]
授課教師: 吳漢銘 (淡江大學 數學系 助理教授), 研究室: 騮先紀念科學館四樓 S432室 分機: 3147。
Office Hour (四)10:10~11:00。 E-mail: hmwu@mail.tku.edu.tw
開課班級: 數學系資統組 碩士班。必/選修: 選修。學分數:單學期 3 學分 3小時。
上課時間地點: (五) 13:10~16:00, SA127(改為S436)。
先修科目: 機率與統計。助教: 無。
公告
  • [2008/06/23] 學期成績公告,及格人數:15,不及格人數: 1。[本網頁停止更新]
  • [2008/06/03] 6/13(五)的課,因電腦室S436被借用,上課地點暫改為S106,上課時間改為: 下午2:00~5:00。
  • [2008/05/19] 作業1題目與規則下載 (due: 2008/06/06)
  • [2008/05/15] 期末報告題目與規則下載
  • [2008/05/09] 期中成績(期中考,小考成績,點名記錄)已上傳至學校教務處,請至「學生記分簿成績查詢」系統查詢。
  • [2008/04/27] 「期中考成績」已發佈在「成績記錄表(microarray-score-print.xls)」,請login查看,有問題請上課時提出或e-mail老師。
  • [2008/04/11] 2008/04/18上課時間延後為下午兩點十分開始(僅限本週)。
  • [2008/04/02] 期中考資訊: 時間暫訂: 04/25(五), 下午2:00~3:30, 教室S436。 範圍: 復習單1~6.1。
  • [2008/03/26] 97/04/02~04放春假,4/04 停課一次。
  • [2008/03/21] 每次上課後,都會有主題復習單,是期中考出題參考。
  • [2008/02/22] 上課時間改為每星期五13:10~16;00。地點為S436室。
  • [2008/02/10] 新年快樂,歡迎選修&旁聽。
教學目的
微陣列基因表現資料(microarray gene expression data)的統計分析是生物資訊學裡一門重要的領域。
本課程是針對想了解此類型資料的機率分佈、統計理論與應用分析而開設的課。希望同學們除了理解
其原理外,並能使用 R & Bioconductor 做資料處理及統計分析。
教學內容及進度
週次 月/日 (講義) 內容 練習/備註/作業/閱讀
02/22 (V) Course Introduction, R&Bioconductor R&Bioconductor安裝
02/29 (V) Basic biology (e.g., 影片欣賞) and Introduction to microarray data 閱讀 [教材2: chap-01]
03/7 (V) cDNA microarray data preprocessing (lecture) 閱讀 [參材1: chap-04]
03/14 (V) Oligo microarray data preprocessing (lecture) 閱讀 [參材1: chap-02, 03]
03/21 (V) Microarray data preprocessing and quality assessment (lab)
操作1 [參材1: chap-04]
操作2 [參材1: chap-02, 03]
操作3 [BioConductor]: marray, arrayQuality, affy, affyQCReport, simpleaffy
閱讀 [教材2: chap-09, 10]
03/28 (V) Gene filtering, missing values imputation. [BioConductor]; impute, pcaMethods
04/04 清明: 放假一日
04/11 (V) Finding differential expressed genes: hypothesis testing 閱讀 [教材2: chap-11]
04/18 (V) Finding differential expressed genes: bootstrap and permutation [BioConductor]; SAM, affylmGUI
04/25 期中考 (考兩份考卷: 一份當成平時成績,一份為期中成績) 紙筆測驗 (復習單1~6.1)
十一 05/02 (V) Dimension Reduction Techniques, Visualization and Clustering 閱讀 [參材1: chap-12, 13]
十二 05/09 (V) Dimension Reduction Techniques, Visualization and Clustering
十三 05/16 (V) Lab: SAM, R&Bioconductor (plots, pca, mds, kmeans, som, hclust), GAP 作業1題目與規則下載
十四 05/23 (V) 影片欣賞: DNA時代
[影片欣賞須知]
十五 05/30 (V) Cluster Validation, Lab: kmeans, som, hclust.
十六 06/06 (V) Time Series Data Analysis.
十七 06/13 (V) Classification: Class Prediction, Web Resource for Microarray
Experimental Design, Gene Regulatory Networks
十八 06/20 期末考: 報告 期末報告題目與規則下載。
(V) 上課講義下載: 限修課學生 下載。
教材課本
  1. Deshmukh, S. R., Purohit, S.G., (2007), Microarray Data: Statistical Analysis Using R, Alpha Science Intl Ltd; Har/Cdr edition.
  2. Iiris Hovatta et al., (2005) DNA microarray Data Analysis, 2nd Edition., CSC; 2005.
    [free download] http://www.csc.fi/csc/julkaisut/oppaat/arraybook_overview
參考書籍
  1. Robert Gentleman, Vincent Carey, Wolfgang Huber, Rafael Irizarry, Sandrine Dudoit, 2005, Bioinformatics and Computational
    Biology Solutions Using R and Bioconductor, Springer; 1 edition.
  2. Knudsen, S., (2006), Cancer Diagnostics with DNA Microarrays, Wiley-Liss; 1 edition.
  3. Stekel, D., (2003), Microarray Bioinformatics, Cambridge University Press; 1 edition.
  4. 更多...
成績考核方式
  • 平時成績:50 %
  • 期中考成績: 25 %
  • 期末考成績:25 %
備註
  1. 正課點名不計分。
  2. 期末考以小組報告為主(需交書面)。
  3. 上述「教學內容及進度」會依實際教學狀況修正。
  4. 課程網站(講義、作業、公告、討論): http://www.hmwu.idv.tw