授課科目名稱:微陣列資料統計分析 [97學年度(下): 2009.02-2009.06]

授課教師: 吳漢銘 (淡江大學 數學系 助理教授), 研究室: 騮先紀念科學館四樓 S432室 分機: 3147。

Office Hour (四)10:10~11:00。 E-mail: hmwu@mail.tku.edu.tw

開課班級: 數學系資統組 碩士班。必/選修: 選修。學分數:單學期 3 學分 3小時。

上課時間地點: (五) 09:10am~12:00am, SA127。 

先修科目: 機率與統計。助教: 無。

公告

  • [2009/02/17] 講義於底下「教學內容及進度」下載。   
  • [2009/02/17] 本學期課程簡介(含教課進度、授課範圍、計分方式)。 
  • [2009/01/09] 中國醫藥大學生物統計中心, 生統e報, 第十八期,生統小文章: 微陣列資料分析 (蔡政安副教授)。
  • [2009/01/08] 新年快樂,歡迎選修&旁聽。教學計畫表下載

教學目的

微陣列基因表現資料(microarray gene expression data)的統計分析是生物資訊學裡一門重要的領域。
本課程是針對想了解此類型資料的機率分佈、統計理論與應用分析而開設的課。希望同學們除了理解
其原理外,並能使用 R & Bioconductor 做資料處理及統計分析。

教學內容及進度

週次月/日(講義) 內容練習/備註/作業/閱讀
02/20(V) Course Introduction, R&Bioconductor, 影片欣賞 (1)R&Bioconductor安裝 
02/27(V) Basic molecular biology, Introduction to microarray data, 影片欣賞 (2) 
03/06(V) cDNA microarray data preprocessing 
03/13(V) Oligo microarray data preprocessing (1) 
03/20(V) Oligo microarray data preprocessing (2)

 

03/27(V) Data preprocessing and quality assessment (lab1) 作業一
04/03春假  
04/10(V) Data preprocessing and quality assessment (lab2) 
04/17(V) Gene filtering, missing values imputation, 影片欣賞 (3) 
04/24期中考(本周不上課)[唸選定的paper] 
十一05/01Finding differential expressed genes , Dimension reduction 
十二05/08visualization and clustering   
十三05/15Classification: class prediction

 

十四05/22Time series data analysis (lecture & lab)

  

十五05/29Web resource for microarray, Gene regulatory networks   
十六06/05Experimental Design, Software issue  
十七06/12Systems biology, 影片欣賞  
十八06/19期末考: 報告 

(V) 上課講義下載: 限修課學生 下載。   

教材課本

  1. Deshmukh, S. R., Purohit, S.G., (2007), Microarray Data: Statistical Analysis Using R, Alpha Science Intl Ltd; Har/Cdr edition.
  2. Iiris Hovatta et al., (2005) DNA microarray Data Analysis, 2nd Edition., CSC; 2005.
    [free download] http://www.csc.fi/csc/julkaisut/oppaat/arraybook_overview

參考書籍

  1. Robert Gentleman, Vincent Carey, Wolfgang Huber, Rafael Irizarry, Sandrine Dudoit, 2005, Bioinformatics and Computational
    Biology Solutions Using R and Bioconductor, Springer; 1 edition.  
  2. Knudsen, S., (2006), Cancer Diagnostics with DNA Microarrays, Wiley-Liss; 1 edition.
  3. Stekel, D., (2003), Microarray Bioinformatics, Cambridge University Press; 1 edition.
  4. 更多參考資料...

成績考核方式

  • 平時成績:40 %

  • 期中考成績: 30 %

  • 期末考成績:30 %

備註

  1. 本課程著重R程式撰寫及實際資料分析。
  2. 期末考以小組報告為主(需交書面)。
  3. 上述「教學內容及進度」會依實際教學狀況修正。
  4. 課程網站(講義、作業、公告、討論): http://www.hmwu.idv.tw